Der Konformitätsnachweis der BSI TR-03109 erfolgt durch beim BSI anerkannte Prüfstellen. Die allgemeinen Anforderungen an diese Prüfstellen und der Ablauf der Anerkennung sind im Dokument Anerkennung von Prüfstellen: Programm im Bereich Technischer Richtlinien (TR) TR-Prüfstellen 1.13 beschrieben.

Stellen, die Interesse an einer Anerkennung haben, können ein kostenfreies Beratungsgespräch in Anspruch nehmen oder direkt einen Antrag auf Anerkennung als Prüfstelle / Zertifizierung als IT-Sicherheitsdienstleister stellen.